Membre de la famille des Asclépiades, il voit le jour à Cnide, cité d'Asie mineure réputée pour ses médecins. Il devient le médecin d'Artaxerxès II Mnémon, Grand Roi de Perse, et de sa famille, à une date inconnue. Diodore de Sicile et Jean Tzétzès indiquent qu'il reste 17 ans à son service, et qu'il rentre chez lui en 398, ce qui place le début de sa carrière perse en 415. Diodore précise qu'il a rejoint le Grand Roi après avoir été fait prisonnier par les Perses. Selon Xénophon, Ctésias accompagne Artaxerxès lors de la bataille de Counaxa (401), livrée contre son frère Cyrus le Jeune.
Médecin grec prisonnier des Perses à l'époque des luttes fratricides opposant Cyrus et Artaxerxès, Ctésias partagea la vie de la Cour orientale et assista - bon gré malgré - aux intrigues de la famille royale.
Soumis aux caprices de la reine mère, il fut le témoin impuissant de tortures et meurtres multiples, jusqu'à son départ mystérieux aux environs de 398 avant J. -C. Prisonnier mais protégé, Ctésias profita de sa situation pour tout noter : la cruauté des princesses orientales, véritables maîtresses de la politique, la richesse fabuleuse du pays, ses liens privilégiés avec l'Inde peuplée d'hommes et d'animaux étranges.
L'accès aux archives lui permit aussi de remonter le temps : récits, documents et témoignages directs lui fournirent ainsi la matière de ces Histoires de l'Orient, depuis le royaume assyrien de Sémiramis jusqu'aux rivalités intestines dont il fut le témoin privilégié.
Immense fresque historique, mélange de fiction et de réel, de mensonges et de naïveté, son oeuvre fait renaître sous les personnages de légendes les ombres de rois ayant réellement vécu dans les murs de Ninive, Suse, Babylone et Ecbatane.
Ctésias meurt après son retour à Cnide, à une date inconnue.
Ctésias est principalement l'auteur de travaux historiques sur l'Inde et la Perse, qui ont subsisté sous forme de citations ou de résumés. Il a également rédigé des ouvrages dont seul le titre est connu :
Il ne reste de ces ouvragse que des fragments et des extraits faits par Photius ; on les trouve souvent à la suite d'Hérodote : Larcher les a joints à sa traduction. Bœhr en a donné une édition séparée, Francfort-sur-le-Main, 1824. Ils se trouvent aussi dans les Historicor. fragm. de la Bibliothèque grecque de Didot.